Frank Bettenhausen studierte Kirchenmusik und Klavierpädagogik an der Fachakademie für Ev. Kirchenmusik in Bayreuth (Orgel bei Hartmut Rohmeyer). Nach einem Praktikum an der St. Jakobs-Kirche in Rothenburg ob der Tauber schloß sich ein Aufbaustudium der Kirchenmusik an der Musikhochschule Detmold an (Staatliche A-Prüfung 1994). Schwerpunkte waren hier besonders Orgel (Prof. Weinberger) und Dirigieren (Prof. Harder), auch Studien im Cembalospiel bei G. Hollmann, sowie Kurse bei B. van Asperen, Prof. M. Frey u. a.
Von 1995-2002 war er Dekanatskantor an der Stadtkirche Rüsselsheim und Leiter der Kantorei.
Seit 2002 ist er mit seiner Frau als Kirchenmusiker an den beiden Hauptkirchen in Rudolstadt tätig. Sein breites organistisches Repertoire stellt er in zahlreichen Konzerten der Öffentlichkeit vor. Mit den Thüringer Symphonikern Saalfeld-Rudolstadt hat er alle wichtigen Konzerte für Orgel und Orchester aufgeführt.
Konzertreisen führten in u. a. nach Frankreich (Paris) und Finnland. Mehrere Rundfunksendungen, auch live, dokumentieren seine Arbeit.
Mit der Wiedereinweihung der restaurierten Ladegastorgel (2005) in der Stadtkirche zu Rudolstadt initiierte er als künstlerischer Leiter die Rudolstädter Orgeltage. Im September 2006 ist die erste CD dieser Orgel mit Werken von Rheinberger, Ritter, Liszt u. a. mit Frank Bettenhausen erschienen.